Schrodinger Suites 2018-1是Schrodinger軟件的最新版本，該軟件是一款計(jì)算化學(xué)軟件，包括分子建模，藥物設(shè)計(jì)和材料科學(xué)等，主要對(duì)Maestro圖形界面、FEP +、分子動(dòng)力學(xué)、AutoQSAR、工作流程和流水線進(jìn)行了更新和升級(jí)，比如通過改進(jìn)的屬性樹來輕松控制項(xiàng)目表中的顯示屬性，可以指定原子標(biāo)簽的小數(shù)精度，可以在界面中指定自定義熱區(qū)，能夠?qū)EP +結(jié)果導(dǎo)出到Excel工作簿中以供進(jìn)一步分析，新的Bioisoster替代節(jié)點(diǎn)，改進(jìn)了Windows上許多面板的響應(yīng)能力等等，可以大幅度的提高用戶的工作效率。它是藥物發(fā)現(xiàn)的完整軟件包，包括：基于受體和配體結(jié)構(gòu)的誘導(dǎo)契合和柔性對(duì)接模式；基于受體結(jié)構(gòu)及配體極性的對(duì)接模式；基于受體結(jié)構(gòu)及溶液環(huán)境性質(zhì)的對(duì)接模式；組合化學(xué)庫設(shè)計(jì)及基于組合庫的對(duì)接模式；基于配體結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)，藥效團(tuán)和3D-QSAR；生物分子結(jié)構(gòu)模擬，蛋白、糖、核酸、小肽等；基于靶點(diǎn)的藥物設(shè)計(jì)；ADME性質(zhì)預(yù)測(cè)。小編給大家?guī)砹?strong>Schrodinger Suites 2018.1破解版，數(shù)據(jù)包內(nèi)附帶破解文件，可以完美激活、注冊(cè)授權(quán)軟件，解鎖軟件中被限制的很多功能，用戶就可以免費(fèi)、無功能限制使用了。另外，本文提供圖文結(jié)合的詳細(xì)軟件破解教程，可供大家參考借鑒，大家可以參照具體步驟進(jìn)行軟件安裝破解操作，希望對(duì)大家有幫助，小編親測(cè)可用，歡迎有需求的用戶前來免費(fèi)下載使用。
破解教程
1、下載并解壓Schrodinger Suites 2018-1破解版安裝包壓縮包，
解壓密碼為0daydown，然后雙擊運(yùn)行“setup.exe”程序進(jìn)行軟件安裝。
2、進(jìn)入安裝向?qū)Ы缑妫鶕?jù)安裝提示進(jìn)行安裝，直到軟件安裝完成。
3、軟件安裝完成，點(diǎn)擊“ok”退出安裝程序。
4、在桌面或者開始菜單找到軟件并選中Schrodinger Suites，點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵，選擇“打開文件位置”進(jìn)入軟件安裝路徑，將patcher文件夾內(nèi)的patcher.exe這個(gè)破解文件復(fù)制到軟件安裝路徑下。
5、在軟件安裝路徑下雙擊運(yùn)行此破解文件，彈出界面，點(diǎn)擊patch即可激活破解軟件。
6、然后點(diǎn)擊開始菜單，Schrodinger 2018-1軟件中的模塊軟件都可以免費(fèi)使用了。
7、打開幾個(gè)試下，均可以正常使用。
功能特色
一、Maestro圖形界面1、通過改進(jìn)的屬性樹，輕松控制項(xiàng)目表中的顯示屬性
2、在收藏夾工具欄中編輯標(biāo)題
3、交互調(diào)整環(huán)形構(gòu)造
4、查找核心Maestro功能，例如作為任務(wù)工具中的Surface和Hydrogen Bond面板
5、支持Mac觸控板手勢(shì)，包括縮放和Z軸旋轉(zhuǎn)
6、可選擇禁用預(yù)測(cè)高亮顯示
7、控制超出選定范圍的網(wǎng)格范圍計(jì)算PB靜電表面的原子數(shù)
8、可選擇指定原子標(biāo)簽的小數(shù)精度 - 包括幾個(gè)新學(xué)院教程
二、FEP +1、可選擇指定界面中的自定義熱區(qū)域。單獨(dú)控制受體和配體原子。快速查看顯示溶劑和復(fù)雜腿部的熱原子
2、檢查共價(jià)結(jié)合蛋白質(zhì)
3、配體系統(tǒng)的邊緣分析
4、報(bào)告配體健康評(píng)估中與水分子的空間沖突
5、將FEP +結(jié)果輸出到Excel用于進(jìn)一步分析的工作簿
6、將FEP +結(jié)果導(dǎo)入LiveDesign
7、添加到文檔中的新學(xué)院教程
三、分子動(dòng)力學(xué)改進(jìn)的膜松弛協(xié)議
四、AutoQSAR輕松構(gòu)建和應(yīng)用深度學(xué)習(xí)模式使用我們的基于TensorFlow的DeepChem集成。適用于對(duì)大型數(shù)據(jù)集進(jìn)行建模，可處理數(shù)十萬種化合物
五、工作流和流水線1、Schrodinger Suites包括最新版本的KNIME（v3.5)
2、New Bioisoster更換節(jié)點(diǎn)
3、Maestro中KNIME工作流程支持的新快速表單節(jié)點(diǎn)
4、抗體構(gòu)建的新工作流程示例和序列轉(zhuǎn)換器
5、改進(jìn)了Windows上許多面板的響應(yīng)速度
6、提高了2D渲染器的速度
模塊簡(jiǎn)介
Glide：精確的配體和受體的對(duì)接（docking）工具。Glide提供SP（標(biāo)準(zhǔn)精度）和XP（額外精度）兩種方式為藥物發(fā)現(xiàn)提供了速度和精度，在SP（標(biāo)準(zhǔn)精度）高精度的對(duì)接幾十萬個(gè)配體基礎(chǔ)上， XP（額外精度）模式可以對(duì)SP的對(duì)接結(jié)果做進(jìn)一步檢驗(yàn)，以減少假陽性。GlideScore充分考慮親脂性，氫鍵，金屬配位體的貢獻(xiàn)，也考慮不合適的鍵的旋轉(zhuǎn)和原子的空間排斥，可以有效的減少假陽性和提高富集率。另外含有的SP-QPLD和XP-QPLD打分可以考慮配體在受體內(nèi)的極性取向。Glide 和Prime模塊聯(lián)用可以實(shí)現(xiàn)Induced Fit功能。
Maestro：是Schr?dinger軟件的統(tǒng)一界面，超強(qiáng)的圖像顯示功能使研究人員能清楚的觀察最復(fù)雜的研究體系。
Prime: 精確的蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)軟件包。Prime可以模建出高精度的受體模型，保證藥物研發(fā)后期的成功。Prime可精確模建Loop區(qū)。包含同源模建和threading兩種方法。
Liaison：精確的配體-受體結(jié)合能計(jì)算程序，Liaison預(yù)測(cè)結(jié)合能在~1 kcal/mol的實(shí)驗(yàn)值，可以應(yīng)用到配體自由度比較大的情況。
SiteMap: 精確的蛋白活性位點(diǎn)認(rèn)證工具。 包含兩部分功能：活性位點(diǎn)定位；分析活性位點(diǎn)的化學(xué)特征。
CombiGlide：設(shè)計(jì)針對(duì)一個(gè)靶標(biāo)或者一類靶標(biāo)的富集組合庫，并利用靶標(biāo)結(jié)構(gòu)基于組合庫虛擬篩選程序。通過特定的設(shè)定過濾化合物，例如ADME預(yù)測(cè)。并可實(shí)現(xiàn)De novo design。
Epik：快速和精確的預(yù)測(cè)pKa。Epik能夠得到pKa值和3D結(jié)構(gòu)文件，包括多種互變異構(gòu)體和在特殊條件下可能存在的離子狀態(tài)，在水和DSMO的溶液中，也能精確的計(jì)算出pKa值?？梢杂行岣吆Y選的準(zhǔn)確性。
MacroModel: 基于力場(chǎng)模建的黃金標(biāo)準(zhǔn)。可處理體系包括有機(jī)化合物、糖、核酸、小肽、蛋白等。在研究蛋白-配體的復(fù)合物，允許活性位點(diǎn)充分的柔性，而其他的地方剛性。
Qsite：高性能的QM/MM計(jì)算程序。Qsite將量子力學(xué)計(jì)算應(yīng)用到蛋白的活性位點(diǎn)的活性中心，對(duì)于剩余的蛋白體系應(yīng)用分子動(dòng)力學(xué)，是先導(dǎo)優(yōu)化的強(qiáng)有力的工具?？蓱?yīng)用在涉及到電子轉(zhuǎn)移的酶的催化反應(yīng)及蛋白活性中心含金屬的體系。
Phase: 最精確的藥效團(tuán)模建的完整工具包。Phase可以基于配體設(shè)置排斥球，假設(shè)某些區(qū)域被蛋白質(zhì)所占據(jù)，這樣就把空間形狀不符合的配體篩掉?？梢愿鶕?jù)配體-受體復(fù)合物結(jié)構(gòu)中配體的晶體結(jié)構(gòu)生成藥效團(tuán)搜索數(shù)據(jù)庫。具有強(qiáng)大的數(shù)據(jù)管理功能，Phase允許用戶生成和存儲(chǔ)多構(gòu)象的數(shù)據(jù)庫，以便在工作中隨時(shí)用來篩選。包含的ConfGen技術(shù)對(duì)配體分子進(jìn)行考察，包括鍵的旋轉(zhuǎn)，和計(jì)算各個(gè)構(gòu)象的能量，以保留合理的構(gòu)象。
Strike: 做統(tǒng)計(jì)模型和QSAR的工具。 Strike是做結(jié)構(gòu)-活性關(guān)系模型的工具, Strike能使用這個(gè)模型快速的預(yù)測(cè)化合物活性或者預(yù)測(cè)大的虛擬庫的像藥性。
QikProp：快速精確的ADME的預(yù)測(cè)工具。由耶魯大學(xué)的Bill Jorgensen教授實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)?？梢詫?duì)整個(gè)分子的3D結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，預(yù)測(cè)性質(zhì)包括：辛醇/水和水/氣體的log Ps, log S, log BB；整個(gè)CNS活性；Caco-2和MDCK細(xì)胞滲透性；血清白蛋白結(jié)合活性log Khsa；HERG 的K離子通道阻斷性log IC50。
LigPrep：精確的2D到3D結(jié)構(gòu)的轉(zhuǎn)換的工具。有效精確的2D到3D的轉(zhuǎn)換是成功藥物設(shè)計(jì)的第一步，LigPrep可從單一結(jié)構(gòu)產(chǎn)生的化學(xué)和結(jié)構(gòu)上的多樣構(gòu)象。 LigPrep可以為Glide，Qikprop，和Phase產(chǎn)生輸入文件。為了符合模擬程序的需要, LigPrep提供的特殊設(shè)定可優(yōu)化輸出結(jié)構(gòu)。
PrimeX：蛋白質(zhì)X-ray晶體結(jié)構(gòu)精修。包括正確放置配體，Loop區(qū)構(gòu)建以及模擬退火功能。
Jaguar: 快速的第一原理電子結(jié)構(gòu)計(jì)算軟件包, 可以將量子化學(xué)的精確性引入生命科學(xué)研究。
解決方案
（一）高通量虛擬篩選：薛定諤軟件的虛擬篩選功能在35個(gè)CPU的集群上每天可以篩選150萬個(gè)化合物。提供一站式的設(shè)置界面，用戶可以定義特定的性質(zhì)，以便過濾掉不滿足性質(zhì)的化合物；所需模塊：Glide, LigPrep, QikProp, Epik, Sitemap, Liaision；
（二）精確對(duì)接：針對(duì)虛擬篩選后的富集化合物庫或者用戶自己特定的化合物庫，利用薛定諤軟件提供的精確對(duì)接模式可以考慮以下兩種真實(shí)環(huán)境，得到的精確度結(jié)果可以和實(shí)驗(yàn)的結(jié)果相匹配：
（1）配體小分子對(duì)蛋白活性位點(diǎn)結(jié)構(gòu)的誘導(dǎo)(Induced Fit)；所需模塊：Glide, Prime, Liaison, Sitemap, Epik, MacroModel, LigPrep, QikProp；
（2）蛋白分子誘導(dǎo)配體分子電荷的極化(QPLD)，所需模塊：Glide, Liaison, Sitemap, Epik, MacroModel, Qsite, Ligprep, Jaguar, QikProp；
（三）藥效團(tuán)和3D-QSAR：薛定諤提供的藥效團(tuán)和3D-QSAR的解決方案，在沒有受體信
息的情況下，科研人員可以用活性配體的信息進(jìn)行新藥設(shè)計(jì)；所需模塊：Phase, Confgen, Ligprep, MacroModel, Strike；
（四）全新藥物設(shè)計(jì)（de novo design）：薛定諤軟件提供的me-too和me-better藥物設(shè)計(jì)解決方案，允許用戶替換已知化合物的側(cè)鏈或者母核；所需模塊：CombiGlide, Glide, Ligprep, Qikprop；
（五）酶催化，金屬酶研究（QM/MM方法）：薛定諤軟件提供的QM/MM方法可以考慮蛋白活性位點(diǎn)的化學(xué)反應(yīng)。所需模塊：Qsite, Jaguar；
（六）生物分子結(jié)構(gòu)模擬：可以精確模建蛋白、核酸、多糖結(jié)構(gòu)；所需模塊Prime, MacroModel；
（七）ADME性質(zhì)預(yù)測(cè)：應(yīng)用于藥理方面的研究；所需模塊：QikProp；
（八）化學(xué)信息學(xué)：薛定諤軟件的化學(xué)信息學(xué)解決方法提供以下專業(yè)算法：二元指紋向量聚類分析；相似性分析；層次聚類方法；化學(xué)過濾方法；多樣性分析；sphere exclusion diversity;字結(jié)構(gòu)搜索；獨(dú)特的SMILES產(chǎn)生法；多元線性回歸；偏最小二乘回歸；主成份分析；主成份回歸分析；神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)算法；樸素貝葉斯分析算法；自組織特征映射法；所需模塊：Canvas；
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