snapgene是國(guó)外一款非常出名的分子生物學(xué)軟件,可用于規(guī)劃和刺激脫氧核糖核酸操作,它模擬了Clontech的In-Fusion克隆技術(shù),只需選擇您想要融合的DNA片段,即可設(shè)計(jì)引物,是創(chuàng)建無(wú)縫基因融合的一種非常通用的方法。并且軟件是作為以數(shù)字形式記錄脫氧核糖核酸結(jié)構(gòu)的一種替代方法而創(chuàng)建的,它可以讓你輕松地在網(wǎng)上分享結(jié)果。使用SnapGene,您可以在地圖視圖中顯示酶和翻譯。所有元素都是編輯和突出選擇的交互作用。軟件不是為普通人開發(fā)的;它是為那些已經(jīng)掌握了脫氧核糖核酸科學(xué)和脫氧核糖核酸序列術(shù)語(yǔ)的人開發(fā)的。你可以通過(guò)打開閱讀框找到基因,你可以添加、刪除、編輯和復(fù)制特征。它被認(rèn)為是可視化、計(jì)劃和記錄分子生物學(xué)過(guò)程的最快和最簡(jiǎn)單的方法。這個(gè)高度靈活的應(yīng)用程序有特定的目的,以便找到項(xiàng)目或相同項(xiàng)目的組。
安裝破解教程
1、首先在本站下載好這款文件包,將其解壓出來(lái)得到如下文件。
2、雙擊exe文件夾主程序運(yùn)行開始安裝,自行選擇好安裝路徑。
3、閱讀相關(guān)用戶許可協(xié)議,然后點(diǎn)擊“I Agree”我同意此選項(xiàng)。
4、這里可選擇勾選上需要的安裝組件,然后點(diǎn)擊“Next”。
5、開始菜單欄默認(rèn)設(shè)置即可,直接點(diǎn)擊“Install”開始正式安裝。
6、完成對(duì)軟件的安裝后先不要運(yùn)行軟件。
7、回到電腦桌面中,鼠標(biāo)右鍵軟件快捷方式,選擇打開文件位置這一項(xiàng)。
8、最后將Crack文件夾下的兩個(gè)破解補(bǔ)丁復(fù)制到上一步中打開的軟件位置,在出現(xiàn)的提示中選擇復(fù)制和替換這一項(xiàng)即可完成破解。
軟件功能
1、In-Fusion 克隆
Clontech的In-Fusion克隆技術(shù)是創(chuàng)建無(wú)縫基因融合的一種非常通用的方法。這是第一個(gè)模擬此程序的軟件。只需選擇您想要融合的DNA片段,即可設(shè)計(jì)引物。
2、GibsonAssembly
許多研究人員轉(zhuǎn)向吉布森大會(huì),不使用限制性內(nèi)切酶將片段插入質(zhì)粒。通過(guò)PCR擴(kuò)增待連接的DNA片段以產(chǎn)生重疊末端。SnapGene簡(jiǎn)化了吉布森裝配反應(yīng)的計(jì)劃,并自動(dòng)化了底漆設(shè)計(jì)。
3、限制性克隆
獨(dú)特的限制克隆界面以干凈的布局顯示您需要的信息。規(guī)劃克隆程序從未如此簡(jiǎn)單。如果你已經(jīng)知道你想要做什么,克隆模擬只需要幾秒鐘。如果克隆程序存在設(shè)計(jì)缺陷,則可以在模擬過(guò)程中捕獲并糾正錯(cuò)誤。
4、PCR&誘變
設(shè)計(jì)引物后,可用它們來(lái)模擬常規(guī)PCR,重疊延伸PCR或誘變。產(chǎn)生的DNA序列文件立即可用于進(jìn)一步操作。與限制性克隆界面一樣,針對(duì)引物的界面以直觀的方式顯示關(guān)鍵信息。
5、自動(dòng)文檔
最令人驚奇的地方在于它會(huì)自動(dòng)記錄克隆項(xiàng)目中的步驟。每次編輯序列或模擬克隆或PCR或誘變時(shí),該程序都會(huì)自動(dòng)記錄在圖形歷史記錄中。在模擬DNA構(gòu)建體的創(chuàng)建之后,您可以將歷史記錄用作實(shí)驗(yàn)方案。嵌入在最終文件中的是所有的祖先構(gòu)造,其中的每一個(gè)都可以作為單獨(dú)的文件復(fù)活。
軟件特色
1、瓊脂糖凝膠電泳
使用先進(jìn)的算法來(lái)創(chuàng)建逼真的瓊脂糖凝膠模擬。限制片段以三種格式顯示:模擬凝膠,數(shù)字列表和序列圖。您可以使用模擬凝膠計(jì)劃診斷性限制消化,或?qū)?shí)際凝膠圖像與預(yù)測(cè)模式進(jìn)行比較。
2、DNA序列中的注釋功能非常簡(jiǎn)單。
格式與GenBank標(biāo)準(zhǔn)相匹配,但添加了諸如顏色,方向性和片段等選項(xiàng)。編碼序列被翻譯,以便您可以可視化密碼子,追蹤氨基酸編號(hào),并檢查閱讀框架以尋找基因融合。功能可以從其他文件導(dǎo)入,或者從可定制列表中自動(dòng)注釋。
3、引物的設(shè)計(jì)和可視化
與許多其他程序不同,SnapGene使用嚴(yán)格的熱力學(xué)算法來(lái)計(jì)算解鏈溫度和雙鏈路線。您可以使用引物模擬程序,如PCR,誘變和In-Fusion克隆。引物可以從其他文件導(dǎo)入或?qū)С鰹槲谋靖袷健?br />4、大序列
在這個(gè)基因組時(shí)代,你的分子生物學(xué)軟件應(yīng)該能夠處理染色體大小的序列。由于采用了專有的MICA算法,SnapGene可以用于瀏覽具有數(shù)千個(gè)注釋功能的大型序列。智能搜索和縮放控制使得染色體的導(dǎo)航非常簡(jiǎn)單。
5、多功能數(shù)據(jù)導(dǎo)入和導(dǎo)出
可以讀取許多常見(jiàn)的文件格式,捕獲DNA序列和注釋。支持的格式列表包括 APE, DNASTAR的Lasergene, 基因工程Kit, 基因庫(kù), MacVector, 矢量NTI等等。
使用教程
限制性克隆的技巧
對(duì)于許多應(yīng)用,常規(guī)限制性克隆仍然是最好的方法。一些簡(jiǎn)單的技巧將有助于確保您的克隆順利進(jìn)行。
1、一般技巧
首先,在程序的每一步都要小心。從長(zhǎng)遠(yuǎn)來(lái)看,這種方法可以節(jié)省時(shí)間。
確保DNA非常干凈。當(dāng)制備載體或切除待插入的片段時(shí),從約2μg的DNA開始。
每次酶促反應(yīng)后,用旋轉(zhuǎn)柱純化DNA。在40-45μl的10mM Tris(pH8.5)中洗脫DNA,然后進(jìn)行下一步反應(yīng)。(在用凝膠純化DNA片段之前不需要使用旋轉(zhuǎn)柱。)
為了最大限度地提高效率,請(qǐng)盡量減少程序中的步驟數(shù)。例如,將鈍端片段克隆到鈍性載體位點(diǎn)(例如SmaI位點(diǎn))比將其用Klenow或T4 DNA聚合酶鈍化的位點(diǎn)更好。
如有疑問(wèn),用凝膠純化DNA片段。更清潔的起始材料將產(chǎn)生更好的結(jié)果。
2、準(zhǔn)備矢量
限制性克隆最常見(jiàn)的問(wèn)題是在手術(shù)后恢復(fù)起始載體。該問(wèn)題有兩個(gè)原因:載體的不完全消化,以及切割載體與其自身的重新連接。下面描述的技巧將最大限度地減少這些影響。
確保載體的消化完成。使用過(guò)量的限制酶(約20 U,2μgDNA),消化約4小時(shí)。如果載體需要用兩種具有不同最佳反應(yīng)緩沖液的酶切割,則依次進(jìn)行消化,并在其間進(jìn)行旋轉(zhuǎn)柱純化。
消化載體(并且如果合適的話鈍化),用磷酸酶處理:在37℃下1小時(shí)處于5'突出端,或者如果DNA具有任何平末端或3'突出端則在50℃處理1小時(shí)。
用旋轉(zhuǎn)柱除去磷酸酶。通常不需要對(duì)載體進(jìn)行凝膠純化,因?yàn)榱姿崦柑幚頃?huì)使產(chǎn)生的任何額外DNA片段失活。
3、使用載體,確保消化和磷酸酶反應(yīng)完成。徹底和反復(fù)地渦旋混合物,并且不允許任何液滴逃脫酶處理。在渦旋后短暫旋轉(zhuǎn)以確保管側(cè)沒(méi)有留下液滴是個(gè)好主意。
準(zhǔn)備插入的片段
為了制備插入的片段,不完全消化不是一個(gè)嚴(yán)重的問(wèn)題,因?yàn)槠蔚牟糠只厥帐强山邮艿?。您可以使用相?duì)較短的消化時(shí)間,對(duì)于雙重消化,您可以使用對(duì)一種或兩種酶來(lái)說(shuō)不是最理想的反應(yīng)緩沖液。
用凝膠純化插入的片段。除去除不需要的或不完全消化的DNA外,該方法還可去除酶和小分子。當(dāng)用透照儀觀察DNA條帶時(shí),不要使用312nm或更低的短波紫外線,因?yàn)镈NA會(huì)受到嚴(yán)重?fù)p害。請(qǐng)改用360-365 nm紫外燈。
如果通過(guò)PCR產(chǎn)生插入的片段,則在進(jìn)行任何限制性消化之前用凝膠或旋轉(zhuǎn)柱純化。如果您計(jì)劃將平末端PCR片段(用聚合酶如Pfu產(chǎn)生)克隆到磷酸酶處理的載體中,請(qǐng)確保您的PCR引物含有5'-磷酸。
結(jié)扎和轉(zhuǎn)化
使用磷酸酶處理的載體,進(jìn)行對(duì)照連接,其中省略插入的片段。該對(duì)照連接應(yīng)該產(chǎn)生非常少的轉(zhuǎn)化體,因?yàn)橹挥协h(huán)狀DNA分子有效地轉(zhuǎn)化大腸桿菌,并且在不與磷酸化片段連接的情況下不能發(fā)生載體的再環(huán)化。
如果DNA僅有粘性末端,則在室溫下連接約1小時(shí)。如果DNA具有任何平端,則在室溫下連接約4小時(shí)并使用高濃度T4連接酶。
微量制作和診斷摘要
如果您使用插入的片段獲得了比用于對(duì)照連接的結(jié)扎更多的轉(zhuǎn)化體,那么您的克隆幾乎肯定會(huì)起作用,并且您通常只能制作3-4個(gè)小量制備物。
在執(zhí)行小量制備的診斷限制摘要時(shí),始終包括起始向量作為參考標(biāo)準(zhǔn)。
1條評(píng)論
海南省??谑须娦啪W(wǎng)友
非常感謝